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档案文件收集是档案整理的第一步，资料是否齐全直接影响到该档案文件的价值，档案文件整理主要包括对档案文件的内容进行鉴别，将零散和需要进一步条理化的文件进行分类、组合、排列、编目、归档进行保存。
档案整理时分类要合理，便于后期使用时方便查找，可按照年度和问题进行分类，就是将同一年的同一保管期限内，将问题相同的档案文件放在一起，以后查找就比较方便。
按照档案资料的保管期限标准进行整理，永久和长期保存的档案分类时要慎重，如果无法确定保管期限要按照就长不就短的原则执行，防止档案使用时因保存时间过短被销毁无法查询，逐年对应便于查找。
档案整理要规范，当档案的保管期限和分类顺序确定后，就进入了装订、打号目录录入、扫描以及装盒的环节，这个环节虽然简单，但容易出错，所以一定要仔细认真。
装订时要注意文件的间距、页边距，否则装订出来影响美观。案卷标题即案卷题名，是对卷内档案文件的概括，所以，拟写案卷标题内容要概括确切，文字简要通顺，以不超过50字为宜。
档案的整理是一件细心的工作，档案管理人员应具备较高的责任心，并加强档案的日常检查，这样才能提高档案的利用效果和作用。